Die Entwicklung moderner Hunderassen hat eine Populationsstruktur hervorgebracht, die sich zu großen Teilen in relativ in sich geschlossene, Subpopulationen genannte Rassen aufteilt. Die Merkmale, die jeder solcher Rassen definieren, umfassen sowohl bewusst herbeigezüchtete als auch unerwünschte Merkmale, die in bestimmten, von einem kleinen ursprünglichen Pool abstammenden Rassen konzentriert sind.
Hunde setzen sich aus über 400 genetisch voneinander isolierten Rassen mit deutlichen Unterschieden in Morphologie und Verhalten zusammen. Hunderassen haben zwei wichtige genetische Flaschenhälse hinter sich gebracht, den ersten, als sie vor etwa 15.000 Jahren vom Wolf domestiziert wurden, und den zweiten in den letzten wenigen hundert Jahren während der Entwicklung moderner Rassen aus einer kleinen Anzahl von Individuen, die aufgrund bestimmter physischer oder verhaltensbezogener Merkmale ausgewählt wurden. Eine solch starke künstliche Selektion führt zu einer begrenzten genetischen Variation innerhalb jeder Rasse und zu vielen Erbkrankheiten. Erbkrankheiten bei Hunden sind überwiegend rezessiv, resultieren aus übermäßiger Inzucht und zeigen normalerweise allelische Homogenität innerhalb einer Rasse oder einer Gruppe in Verbindung stehender Rassen sowie allelische Heterogenität zwischen weniger zusammenhängenden Rassen.